科学合理的内部审计程序的设计和实施是确保收集到适当、充分的审计证据以对审计事项做审计评价，来保证实现内部审计目标的主要手段。内部审计计划是指内部审计机构及其内部审计人员为完成审计业务，达到预期的审计目的，对审计工作或具体审计项目做出的安排。内部审计人员应该依据组织的风险状况、管理需要及审计资源的配置情况，编制年度审计计划，在开展具体业务时应当编制项目审计方案。内部审计计划工作是通过内部审计机构编制内部审计计划得以实现的。按其编制层次进行划分，内部审计计划通常能分为年度审计计划和项目审计方案。在内部审计的实施阶段，内部审计人员应当依据年度审计计划编制项目审计方案，并采取适当的审计方法，获取适当、充分的审计证据，揭示审计发现的事实、原因和后果，为形成审计结论和意见，以及提出有价值的审计建议创造必要的条件和基础。①项目审计方案是对实施具体审计项目所需要的审计程序、人员分工及其时间等做出的安排。内部审计机构应该依据年度审计计划确定的审计项目和时间安排，选派内部审计人员开展审计工作。内部审计通知书是指内部审计机构在实施审计之前，通知被审计单位或人员接受审计的书面文件。内部审计机构应该依据经过批准后的年度审计计划编制审计通知书。为了更好地实施年度审计计划和项目审计方案，内部审计机构和人需要在进驻审计现场之前做好充足的审前准备。②审计进点会是审计组在进驻被审计单位之后与其管理层和有关人员的初次正式沟通。通过召开审计进点会可以促使被审计单位积极主动地配合审计工作，能明确双方的职责，并实现信息的共享和误解的消除。审计进点会结束之后，审计组能要求被审计单位管理层安排人员和时间带领审计组成员对被审计单位的经营场所，如办公地点、厂房车间、存货的存放地点等进行走访。审计组应当充分的利用走访的机会观察被审计单位的经营活动、内部控制和资产状况等。③内部审计人需要对被审计单位的内部控制获得初步的了解，以便充分合理地计划审计工作，之后根据内部控制的可信赖程度确定控制风险的初步水平，如果将控制风险的初步水平定为低于顶配水平就需要执行控制测试。控制测试是为证实被审计单位内部控制政策和程序设计的适当性及其运行的有效性而执行的测试。分析性程序是内部审计人员对被审计单位重要的比率或趋势做的分析，包括调查异常变动，以及这些重要比率或趋势与预期数额和相关信息的差异。一旦内部审计人员发现异常的差异或不正常的关系就预示着存在错报的可能性，所以内部审计人员执行分析性程序的最大的目的就是寻找审计线索，确定重点审计领域。实质性程序是直接针对审计目标而实施的程序，如针对交易类别的管理层认定和针对期末余额的管理层认定所执行的实质性测试。在各种审计程序中，实质性程序是内部审计人员获取直接的审计证据的测试类型。因此，它是在每个审计项目中一定得执行的程序。内部审计人员应当在实施必要的审计程序，并完成审计结果的沟通工作后，编制内部审计报告。内部审计报告应当以经过核实的审计证据为依据，报告形成的审计结论、意见与建议。如有必要，内部审计人员还可以在审计过程中提交期中报告，以便及时采取比较有效的纠正措施以改善组织的业务活动及其内部控制和风险管理。为更充分地发挥内部审计的建设性作用，对审计意见和建议的采纳情况，以及审计察觉缺陷的整改落实情况做后续追踪是内部审计过程中的一个重要阶段。后续审计是内部审计开展后续追踪的方式之一。内部审计机构负责人应该依据被审计单位的反馈意见，确定后续审计时间和人员安排，审计项目负责人应编制后续审计方案。内部审计人员应当对被审计单位所采取的改进行动进行直接的询问、观察测试或检查相关的文件、以对其及时性和有效性进行评价。内部审计人员应该依据后续审计的执行过程和结果，向被审计单位及组织适当管理层提交后续审计报告。后续审计报告可以简单地回顾审计发现的问题，以及原来的审计结论和审计建议，重点说明被审计单位针对问题所采取的纠正措施的及时性和有效性，所存在的问题是不是已经得到解决，或者尚未解决的原因及其对组织的影响等。